近期，某贸易有限公司因取得“已证实虚开”发票被税务机关稽查，该案件反映出贸易型企业面临的较为常见的风险：即由于上游开票方开出发票被证实虚开，下游受票方企业受到牵连。那么，上游企业主管税务机关发出《税务协查通知书》、《已证实虚开通知单》，下游受票企业主管税务机关能作出不同认定，得出业务真实的相反结论么？受票企业必须要补缴税款么？真实列支的成本还能扣除么？